Un giorno una ragazza di nome Koyori Fujimoto viene estratta dalla folla mentre assiste a un numero di magia per strada e viene costretta a partecipare entrando nella "scatola dei miracoli" e facendola "sparire". In realtà, si ritrova improvvisamente trasportata a spalla da qualcuno, giù per una scala nelle fogne sotto la strada. Si scopre che l'uomo fa parte del numero magico. Quando Koyori lo vede bene, rimane sbalordita da quanto sia bello e dal suo occhio brillante color smeraldo e dall'altro occhio marrone. Koyori è affascinata da lui e gli chiede come si chiama; lui le dice che è "Yuki" e poi se ne va in moto. Il giorno dopo, a scuola, Koyori è preoccupata dai pensieri di Yuki, ma intravede anche una vecchia cotta, Shuu-kun. Vediamo che la classe di Koyori è insegnata da un ragazzo dall'aria molto secchiona e con gli occhiali di nome Nagase-sensei, ma si scopre che è Yuki!!! Ora Koyori si trova nel mezzo tra i sentimenti che prova per il suo compagno di classe Shuu-kun e i nuovi sentimenti che prova per il suo insegnante sorprendentemente bello.
Count Down! è prodotto da Margaret